色拉寺依乌孜山山脚走向因地制宜而建，规模宏大，占地面积达114964平方米，殿宇错落有致，重楼叠阁，金碧辉煌，甚为壮观，体现出藏传佛教寺院依山式建筑的鲜明特点。整座建筑群由佛殿、经堂、扎仓(僧院)、僧舍和康村及策墨林和热振等著名大活佛的喇章宫殿等建筑单元组成。其中措钦大殿、麦巴扎仓、阿巴扎仓、吉扎仓为该寺的主体建筑。

早期建筑以麦巴扎仓和阿巴扎仓为中心修建。位于西南的麦巴扎仓遭雷击后于1761年重建，高四层，建筑面积1600平方米， 由经堂、护法神殿、罗汉殿、释迦牟尼佛殿、宗喀巴殿和《甘珠尔》经殿及达赖喇嘛卧室等建筑单元组成；经堂中主要供奉有释迦牟尼佛铜像，弥勒佛、无量寿佛、药师佛、妙音菩萨、宗喀巴师徒三人、七世达赖喇嘛、三世策墨林活佛等铜像。

阿巴扎仓最早为色拉寺的措钦大殿，1710年建成。现有的措钦大殿后改为扎仓，楼高三层，建筑面积1500平方，由经堂、罗汉殿、大威德金刚殿、无量光佛殿等四个佛殿和达赖喇嘛卧室及灵塔等建筑单元组成，为色拉寺三大扎仓中面积最小的扎仓，同时为色拉寺僧人修习密宗的重要场所，供有格鲁派的三位密宗本尊密集金刚、胜乐金刚和大威德金刚塑像；经堂中所供主尊为释迦牟尼佛塑像，两侧分别为宗喀巴师徒三人、十三世达赖喇嘛等，四壁绘满了金碧辉煌的壁画，内容主要为佛传故事、西方净土变、密集金 刚等密宗题材和龙树大师等佛教历史上的高僧大德。

壁画造型优美、线条流畅、色彩明丽，显示出高超的艺术水平。吉扎仓为三大扎仓中面积最大的扎仓，建筑面积1700平方米，始建于1435年，在清代扩建。主体建筑高四层，有经堂、三世佛殿、马头明王殿、弥勒佛殿、宗喀巴殿、妙音殿、